Для защиты здоровья детей в Москве функционируют различные государственные организации по вопросам медицины. Это Министерство здравоохранения РФ, Департамент здравоохранения Москвы, дирекции здравоохранения разных административных округов, Росздравнадзор и другие.
На отделы комитета по здравоохранению возложены координационные, организационные, финансово-материальные и другие функции в сфере защиты здоровья детей, матерей и беременных женщин. В частности, они контролируют реализацию программ медпомощи детям и матерям, изучением состояния их здоровья и соблюдением их прав в сфере медицины.
Также отделы комитета по здравоохранению контролируют соблюдение стандартов медпомощи матерям и детям, организуют научную деятельность по разным направлениям охраны здоровья детей.